星际联邦的大敌克林贡帝国因为连年争战，经济及生态环境破坏殆尽，一位克林贡领袖遂在企业号太空船护送下前往地球谈和，中途却遭到阴谋份子暗杀，并且嫁祸企业号……

片名中的“东京战争”指的是，1969年秋，学生们为了阻止首相访美而进行的激烈斗争。影片的主人公少年元木，认为自己的一个友人在斗争中因绝望而自杀。但朋友们并不这样认为。元木和女友把认为是自杀友人生前拍摄

星际联邦的大敌克林贡帝国因为连年争战，经济及生态环境破坏殆尽，一位克林贡领袖遂在企业号太空船护送下前往地球谈和，中途却遭到阴谋份子暗杀，并且嫁祸企业号……