故事组要描述在与袭击人类的异次元体NOVA的战斗中失去了姐姐的少年--青井和哉，被转入了对异次元体NOVA的作战专门学校--杰尼提克斯学院。那里是为了将来与NOVA战斗、少年少女们学习战斗技巧的地方。

《零度战姬》第二季（又名：零度战姬振动）故事围绕在和袭击人类的异次元体NOVA的战斗中失去了姐姐青井和叶的少年和哉。青井和叶是传奇中的潘多拉（能与NOVA作战的少女），和哉为了继承姐姐的遗志，进入了潘