年幼的时候母亲因事故身亡的主角伊吹庆太，在某日夜晚遇到了名叫黑的流浪少女，她正是超越人类的存在——元神灵，神秘、残酷而壮烈的战斗从此展开……

幕府时代末期，外忧内患，山河动荡，百姓生活困苦，且生命时刻受到威胁。少年心太因其善良纯洁之心感动飞天御剑流高手比古清十郎，被其收入门下学习剑法，更名剑心。　　在国家危难之际，年轻的剑心怀揣改变时代的梦